RESUMO
Molecular based identification of bat fauna in Pakistan has been relatively less explored. The current study was therefore planned to report for the first time the molecular classification of insectivorous bats (Pipistrellus coromandra) based on mitochondrion gene (COI) from Punjab, Pakistan. Specimens were collected from five different locations followed by DNA extraction with subsequent gene amplification and sequencing. All samples in the study had shown close identity matches with species (Pipistrellus coromandra) from India and (Pipistrellus tenuis) from Vietnam with percentage identity score of 96.11 and 95.58 respectively except one sequence which only revealed 86.78% identity match on Basic Local Alignment Search Tool (BLAST) and could only be assigned to genus level Pipistrellus sp. The results indicated negligible intra-population genetic distance among collected samples whereas the comparison with species from other countries had shown high intraspecific (P. coromandra) and interspecific (P. tenuis) mean genetic distances. The current study hence successfully proved the efficiency of COI gene as a molecular marker for species identification and in analyzing the patterns of genetic variation with species from other countries.
A identificação com base molecular da fauna de morcegos no Paquistão tem sido relativamente menos explorada. Portanto, o estudo atual foi planejado para relatar pela primeira vez a classificação molecular de morcegos insetívoros (Pipistrellus coromandra) com base no gene da mitocôndria (COI) de Punjab, Paquistão. As amostras foram coletadas em cinco locais diferentes, seguidas pela extração de DNA com subsequente amplificação e sequenciamento do gene. Todas as amostras no estudo mostraram coincidências de identidade próximas com espécies (Pipistrellus coromandra) da Índia e (Pipistrellus tenuis) do Vietnã, com pontuação de identidade percentual de 96,11 e 95,58, respectivamente, exceto uma sequência que revelou apenas 86,78% de correspondência de identidade na Ferramenta de Pesquisa de Alinhamento Local Básico (BLAST), a qual só poderia ser atribuída ao nível de gênero Pipistrellus sp. Os resultados indicaram distância genética intrapopulacional desprezível entre as amostras coletadas, enquanto a comparação com espécies de outros países mostrou altas distâncias genéticas intraespecíficas (P. coromandra) e interespecíficas (P. tenuis) médias. O presente estudo, portanto, comprovou com sucesso a eficiência do gene COI como marcador molecular para identificação de espécies e análise dos padrões de variação genética com espécies de outros países.
Assuntos
Animais , Mapeamento Cromossômico/veterinária , Quirópteros/genética , Marcadores GenéticosRESUMO
Characiformes is the most cytogenetically studied group of freshwater Actinopterygii, but karyotypical data of several taxa remain unknown. This is the case of Nematocharax , regarded as a monotypic genus and characterized by marked sexual dimorphism. Therefore, we provide the first cytogenetic report of allopatric populations of Nematocharax venustus based on distinct methods of chromosomal banding and fluorescence in situ hybridization (FISH) with repetitive DNA probes (18S and 5S rDNA). The karyotype macrostructure was conserved in all specimens and populations, independently on sex, since they shared a diploid number (2n) of 50 chromosomes divided into 8m+26sm+14st+2a. The heterochromatin was mainly distributed at pericentromeric regions and base-specific fluorochrome staining revealed a single pair bearing GC-rich sites, coincident with nucleolar organizer regions (NORs). On the other hand, interpopulation variation in both number and position of repetitive sequences was observed, particularly in relation to 5S rDNA. Apparently, the short life cycles and restricted dispersal of small characins, such as N. venustus , might have favored the divergence of repetitive DNA among populations, indicating that this species might encompass populations with distinct evolutionary histories, which has important implications for conservation measures.
Characiformes é o grupo de Actinopterygii de água doce mais estudado citogeneticamente, porém dados cariotípicos de vários taxa permanecem desconhecidos. Este é o caso de Nematocharax , considerado um gênero monotípico e caracterizado pelo acentuado dimorfismo sexual. Em vista disso, nós fornecemos a primeira descrição citogenética de populações alopátricas de Nematocharax venustus , baseada em métodos distintos de bandamento cromossômico e hibridação fluorescente in situ (FISH) com sondas de DNA repetitivo (DNAr 18S e 5S). A macroestrutura cariotípica mostrou-se conservada em todos os espécimes e populações, independentemente do sexo, uma vez que compartilharam um número diploide (2n) de 50 cromossomos dividido em 8m+26sm+14st+2a. A heterocromatina distribuiu-se principalmente nas regiões pericentroméricas e a coloração com fluorocromos base-específicos revelou um único par portador de sítios GC-ricos, coincidentes com as regiões organizadoras de nucléolo (RONs). Por outro lado, foi observada uma variação interpopulacional no número e na posição das sequências repetitivas, especialmente em relação ao DNAr 5S. Aparentemente, ciclos de vida curtos e dispersão restrita dos pequenos caracídeos, tal como N. venustus , podem ter favorecido a divergência do DNA repetitivo entre as populações, indicando que essa espécie pode englobar populações com distintas histórias evolutivas, o que tem implicações importantes para medidas de conservação.
Assuntos
Animais , Caraciformes/genética , Mapeamento Cromossômico/tendências , Mapeamento Cromossômico/veterinária , Variação Estrutural do Genoma/genética , Hibridização in Situ Fluorescente , Hibridização in Situ Fluorescente/veterináriaRESUMO
O objetivo do trabalho foi estimar os parâmetros genéticos das características de crescimento da raça Suffolk, a fim de fornecer subsídio para a definição de estratégias de seleção para programas de melhoramento genético. Os dados analisados, coletados entre os anos de 2007 a 2009, são referentes a ovinos da raça Suffolk oriundos de uma propriedade localizada no Estado de São Paulo, Brasil, participante do programa de melhoramento genético Ovigol, conduzido pela empresa Aries Reprodução e Melhoramento Genético Ovino Ltda. em parceria com a empresa AbacusBio Limited, da Nova Zelândia. As características avaliadas foram: peso ao nascer (PN), ganho de peso pré-desmame (GPP) e peso ao desmame (PD), com número de registro de 1.039, 636 e 649 animais, respectivamente. Para análise estatística, utilizou-se o procedimento GLM do programa computacional SAS; para a consistência do pedigree e para as estimativas dos parâmetros genéticos, os programas computacionais utilizados foram Relax2: pedigree analysis program e o WOMBAT, respectivamente. O modelo linear geral incluiu sexo, grupo de contemporâneos (tipo de parto e ano de nascimento), covariável idade ao desmame (GPP e PD) com efeito quadrático, efeito genético aditivo direto, efeito de ambiente permanente materno e efeito residual. As herdabilidades para PN, GPP e PD foram 0,06, 0,42 e 0,37, respectivamente. As correlações genéticas entre PN e GPP, PN e PD e GPP e PD foram -0,10, -0,03 e 0,97, respectivamente. Na população estudada, as características GPP e PD, apresentam altas respostas à seleção, ao contrário do PN. As características PN e GPP são suficientes para compor um índice de seleção, sendo aconselhável o monitoramento do PN na fase inicial do programa.
The aim of this study was to estimate genetic parameters for growth of Suffolk, in order to provide a basis for the definition of selection strategies for breeding programs. The data analyzed are for Suffolk sheep, collected between years 2007 to 2009, from a property located in the State of São Paulo - Brazil, a participant in the Ovigol breeding program conducted by the company (Aries Reproduction and Breeding Sheep Ltd.) in partnership with (AbacusBio) New Zealand Limited. The evaluated characteristics were: birth weight (PN), weight gain pre-weaning (GPP) and weaning weight (PD), with registration number 1039, 636 and 649 respectively. For statistical analysis we used the GLM procedure of SAS software, for the consistency of pedigree and genetic parameter estimates software Relax2: pedigree analysis program and WOMBAT, respectively, were used. The general linear model included sex, contemporary group (type of birth and year of birth), covariate age at weaning (GPP and PD) with a quadratic effect, direct genetic effect, maternal permanent environmental effect and residual effect. Heritability estimates for PN, PD and GPP were 0.06, 0.42 and 0.37, respectively. Genetic correlations between PN and GPP, and PN and PD and GPP were -0.10, -0.03 and 0.97, respectively. In the study population characteristics GPP and PD have a high response to selection, unlike the PN. The GPP and PN characteristics are enough to make a selection index, it is advisable to monitor the PN in the initial phase of the program.
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Animais , Melhoramento Genético , Aptidão Genética , Ovinos/crescimento & desenvolvimento , Ovinos/genética , Modelos Genéticos , Mapeamento Cromossômico/veterináriaRESUMO
We present a database containing cytogenetic data of Neotropical actinopterygian fishes from Venezuela obtained in a single laboratory for the first time. The results of this study include 103 species belonging to 74 genera assigned to 45 families and 17 out of the 40 teleost orders. In the group of marine fishes, the modal diploid number was 2n=48 represented in 60% of the studied species, while in the freshwater fish group the modal diploid complement was 2n=54, represented in 21.21 % of the studied species. The average number of chromosomes and the mean FN were statistically higher in freshwater fish than in marine fish. The degree of diversification and karyotype variation was also higher in freshwater fish in contrast to a more conserved cytogenetic pattern in marine fish. In contrast to the assumption according to which 48 acrocentric chromosomes was basal chromosome number in fish, data here presented show that there is an obvious trend towards the reduction of the diploid number of chromosomes from values near 2n=60 with high number of biarmed chromosomes in more basal species to 2n=48 acrocentric elements in more derived Actinopterygii.
Se presenta una base de datos que contiene los datos citogenéticos de peces Actinopterigios Neotropicales de Venezuela obtenidos por primera vez en un solo laboratorio. Los resultados de este estudio incluyen 103 especies pertenecientes a 74 géneros de 45 familias contenidas en 17 de los 40 órdenes de teleósteos. En el grupo de peces marinos, el número diploide modal fue 2n=48 representado en 60% de las especies estudiadas, mientras que en el grupo de peces de agua dulce el complemento diploide modal fue 2n=54, representado en el 21,21% de las especies estudiadas. El número de cromosomas y FN promedio fueron estadísticamente superiores en peces dulceacuícolas. El grado de diversificación y variación en el cariotipo también fue mayor en peces de agua dulce en contraste con un patrón citogenético más conservado en peces marinos. En contraposición a la suposición según la cual 48 cromosomas acrocentricos era el número cromosómico basal en los peces, los datos aquí presentados muestran que existe una evidente tendencia hacia la reducción del número de cromosomas desde valores cercanos a 2n=60 con alto número de cromosomas birrámeos en las especies más basales a 2n=48 elementos acrocéntricos en los actinopterigios más derivados.
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Animais , Cariotipagem/veterinária , Mapeamento Cromossômico/veterinária , Peixes/genética , Evolução BiológicaRESUMO
Mycoplasma haemofelis, 'Candidatus Mycoplasma haemominutum' e 'Candidatus Mycoplasma turicensis' são os agentes causadores da micoplasmose felina, que podem causar anemia aguda ou crônica. O objetivo deste trabalho foi determinar a ocorrência de hemoplasmas em gatos domésticos de Belém, Pará. Para isso, 201 gatos foram divididos em três grupos: Grupo A foi composto por 101 gatos de rua capturados pelo Centro de Controle de Zoonoses, o grupo B foi composto por 62 gatos domiciliados e saudáveis e o grupo C foi composto por 38 gatos domiciliados que apresentavam alguma afecção clínica. Foram coletadas amostras de sangue para a realização de Reação em Cadeia pela Polimerase (PCR) para detectar o DNA destes agentes, os quais foram sequenciados e alinhados. A análise estatística foi realizada para detectar a associação entre a infecção, o sexo dos animais e os grupos experimentais. O DNA de pelo menos uma das espécies de hemoplasmas pesquisados foi detectado em 19,9% (40/201) das amostras, sendo o DNA de 'Candidatus M. haemominutum' encontrado em 7,96% (16/201) das amostras, M. haemofelis em 1,49% (3/201) das amostras, enquanto que o DNA de 'Candidatus M. turicensis' foi detectado em 12,93% (26/201) das amostras. O DNA destes três agentes foi detectado em gatos dos grupos A e C, enquanto que no grupo B foi detectado apenas 'Candidatus M. turicensis' e 'Candidatus M. haemominutum' Foi detectada a influência do sexo sobre a infecção hemoplasmas apenas entre 'Candidatus M. haemominutum' e machos. Estes resultados mostraram que os hemoplasmas circulam entre os gatos domésticos em Belém e 'Candidatus M. turicensis' e 'Candidatus M. haemominutum' foram mais comuns do que M. haemofelis, especialmente em gatos vadios.
Mycoplasma haemofelis, 'Candidatus Mycoplasma haemominutum' and 'Candidatus Mycoplasma turicensis' are the causative agent of the feline mycoplasmosis, which could cause acute or chronic anemia. The aim of this work was to determine the occurrence of hemoplamas in domestic cats from Belém, Pará. To this, 201 cats were divided into three groups: Group A were composed by 101 stray cats captured by Zoonosis Control Center, group B were composed by 62 owners healthy cats and group C were composed by 38 owners cats that were suffering by some medical condition. Blood samples were collected to perform Polymerase Chain Reaction (PCR) to detect the DNA of these agents, which were sequenced and aligned. Statistical analysis was performed to detect association between the infection, the sex of the animals and experimental groups. The DNA of at least one of the hemoplasmas studied were detected in 19,9% (40/201) of the samples, being the DNA of 'Candidatus M. haemominutum' was found in 7.96% (16/201) of samples, M. haemofelis in 1.49% (3/201) of samples, while 'Candidatus M. turicensis' in 12.93% (26/201) of the samples. The DNA of these three agents was detected in cats from groups A and C, while in Group B was detected only 'Candidatus M. turicensis' and 'Candidatus M. haemominutum'. The influence of sex on hemoplasma infection was detected only between 'Candidatus M. haemominutum' and males. These findings showed that hemoplasma circulate among domestic cats in Belém, and 'Candidatus M. turicensis' and 'Candidatus M. haemominutum' were more common than M. haemofelis, especially in stray cats.
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Animais , Gatos , Doenças do Gato/parasitologia , Infecções por Mycoplasma/veterinária , Mapeamento Cromossômico/veterinária , Reação em Cadeia da Polimerase/veterinária , Técnicas Genéticas/veterináriaRESUMO
Ageneiosus is the most widely distributed genus of the family Auchenipteridae among South American river basins. Although chromosome studies in the family are scarce, this genus has the largest number of analyzed species, with 2n = 54 to 56 chromosomes, differing from the rest of the family (2n = 58). This study aimed to analyze Ageneiosus inermis from the Araguaia River basin. The diploid number found was of 56 chromosomes. Heterochromatin was allocated in terminal region of most chromosomes, plus a pericentromeric heterochromatic block in pair 1, a pair distinguished by size in relation to other chromosomes pairs. AgNORs were detected in only one submetacentric chromosome pair, which was confirmed by FISH. 5S rDNA was present in only one metacentric chromosome pair. Hybridization with [TTAGGG]n sequence marked the telomeres of all chromosomes, in addition to an ITS in the proximal region of the short arm of pair 1. The repetitive [GATA]n sequence was dispersed, with preferential location in terminal region of the chromosomes. Ageneiosus has a genomic organization somewhat different when compared to other Auchenipteridae species. Evidences indicate that a chromosomal fusion originated the first metacentric chromosome pair in A. inermis, rearrangement which may be a basal event for the genus.
Ageneiosus é o gênero da família Auchenipteridae mais amplamente distribuído em bacias da América do Sul. Apesar dos estudos cromossômicos nesta família serem escassos, este gênero tem o maior número de espécies analisadas, com número diploide variando de 54 a 56 cromossomos, o que difere do restante da família (2n = 58). Este estudo objetivou analisar Ageneiosus inermis da bacia do rio Araguaia. O número diploide encontrado foi de 56 cromossomos. A heterocromatina se mostrou localizada na região terminal da maioria dos cromossomos, além de um bloco heterocromático pericentromérico no par 1, um par facilmente distinguível no cariótipo pelo seu maior tamanho quando comparado aos outros pares do complemento. AgRONs foram detectadas em somente um par de cromossomos submetacêntricos, que foi confirmado pela FISH. 5S rDNA se mostrou presente em somente um par de cromossomos metacêntricos. A hibridização com a sequência [TTAGGG]n marcou os telômeros de todos os cromossomos, além de um ITS (sequência telomérica intersticial) na região proximal do braço curto do par 1. A sequência repetitiva [GATA]n se mostrou dispersa, com localização preferencial na região terminal dos cromossomos. Ageneiosus apresenta uma organização genômica um pouco diferente quando comparada a outras espécies de Auchenipteridae. As evidências indicam que uma fusão cromossômica originou o primeiro par de cromossomos metacêntricos de A. inermis, rearranjo que parece ser um evento basal para o gênero.
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Animais , Fusão Gênica/genética , Mapeamento Cromossômico/veterinária , Peixes-Gato/genética , Análise Citogenética/veterináriaRESUMO
Mapeou-se quantitative trait loci (QTL) associados a características de desempenho nos cromossomos 1, 2, 3, 12, 14, 15 e X de suínos pertencentes a uma população F2, formada a partir do cruzamento entre dois machos da raça naturalizada brasileira Piau e 18 fêmeas comerciais (Landrace x Large White x Pietrain). O mapa genético de ligação da população foi construído após a genotipagem dos animais para 35 marcadores microssatélites. As estimativas do conteúdo de informação polimórfica indicaram que os marcadores microssatélites foram adequados para as análises de QTL. Os dados foram analisados pelo mapeamento por intervalo usando-se o programa GridQTL. Encontraram-se seis QTL, sendo que o QTL genômico para idade ao abate atingiu a significância de 5% de probabilidade. As informações dos QTL detectados neste estudo são úteis para identificar genes que podem ser usados em conjunto com os métodos convencionais de seleção, aumentar a acurácia deles e prover uma compreensão dos fenótipos produtivos de suínos.
The accomplishment of the present study had the objective of mapping Quantitative Trait Loci (QTL) related to performance traits in a F2 pig population developed by mating two Brazilian Piau breed sires with 18 dams from a commercial line (Landrace × Large White × Pietrain). The linkage map for this population was constructed after genotyping the animals for 35 microsatellite markers. Estimates of polymorphic information content indicated that the microsatellite markers were appropriate for QTL analyses. The genotypes were analyzed by interval mapping using the GridQTL program. A total of six QTL were found, of which the QTL for slaughter age (days) was significant at the 5% genome-wise level. The information of the significant QTL detected in this study is useful for future fine-mapping studies for the identification of genes. Such information can be used together with traditional methods in breeding programs or even for a better understanding of the phenotypes of swine production.
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Animais , Genômica/classificação , Mapeamento Cromossômico/veterinária , Suínos/genética , Cromossomos/classificação , Loci Gênicos , Técnicas de Genotipagem/veterináriaRESUMO
A realização do presente estudo teve como objetivo mapear Quantitative Trait Loci (QTL) de carcaça e qualidade de carne em uma população F2 de suínos desenvolvida pelo cruzamento de dois reprodutores da raça brasileira Piau com 18 fêmeas comerciais (Landrace x Large White x Pietrain). O mapa de ligação para essa população foi construído após a genotipagem de 684 animais para 35 marcadores microssatélites. Os dados foram analisados pelo mapeamento por intervalo usando-se sexo, lote e genótipo halotano como efeitos fixos e peso de carcaça ao abate, peso da carcaça direita e idade ao abate como covariáveis. Um total de 18 QTLs foi encontrado; os QTLs para maior espessura de toucinho na região da copa, na linha dorsolombar, e a perda por cozimento foram significativos em nível de 5% genômico. A característica espessura de toucinho foi essencialmente associada aos alelos da raça Piau, conhecido como porco tipo banha. As informações dos QTLs significativos encontrados servem para futuros estudos de mapeamento fino para identificação de genes a serem usados em conjunto com os métodos tradicionais de seleção, para melhorar a eficiência dos programas de melhoramento, assim como prover informação acerca da fisiologia envolvida no desenvolvimento das características quantitativas dos suínos.
The accomplishment of the present study had as objective to map Quantitative Trait Loci (QTL) associated to carcass and quality traits in a F2 pig population developed by mating two Brazilian Piau breed sires with 18 dams from a commercial line (Landrace × Large White × Pietrain). The linkage map for this population was constructed after genotyping the 684 animals for 35 microsatellite markers. Data were analyzed by interval mapping using sex, batch and halothane genotype as fixed effects and carcass weight at slaughter, direct carcass weight and slaugher age as covariables. A total of 18 QTL were identified, the QTL for higher backfat thickness on the shoulder region and cooking loss was significant at 5% genome-wise level. The backfat thickness trait was mainly associated with the Piau breed allele, known as a fat pig. The information of the significant QTL detected in this study is useful for future fine-mapping studies for identification of genes and might be used together with traditional selection methods to improve the efficiency of breeding programs, moreover, this information can also provide new insights to the understanding of the physiology of the quantatiative traits in pigs.
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Animais , Carne/análise , Mapeamento Cromossômico/veterinária , Suínos , Repetições de Microssatélites , Biologia MolecularRESUMO
Six species of Serrasalmidae from the central Amazon, representatives of the genera Serrasalmus (S. elongatus, S. maculatus, S. cf. rhombeus, and S. rhombeus), Pygocentrus (P. nattereri), and Colossoma (C. macropomum), were analyzed regarding the distribution of the Ag-NORs, C-positive heterochromatin and 18S and 5S rRNA genes on the chromosomes. All specimens had 2n = 60 chromosomes, except S. cf. rhombeus, with 2n = 58, and C. macropomum with 2n = 54 chromosomes. The Ag-NORs were multiple and located on the short arms of subtelo-acrocentric chromosomes in all Serrasalmus species and in P. nattereri, but were found on metacentric chromosomes in C. macropomum. The 18S rDNA sites were usually coincident with Ag-NORs, although some species had a higher number and/or a distinct localization of these sites. C-positive heterochromatin was preferentially situated in centromeric regions, remarkably on metacentric pair number 7 in all Serrasalmus species and number 3 in P. nattereri, which beared a conspicuous proximal C-band on the long arms. The 5S rDNA sites were detected in a single chromosomal pair in all species. In Serrasalmus and P. nattereri, this pair was the number 7 and 3, respectively, thereby revealing its co-localization with the conspicuous heterochromatic band. However, in C. macropomum, only one homologue (probably belonging to pair number 12) exhibited 5S rDNA sites on the short arms, close to the centromere. The present data revealed reliable cytotaxonomic markers, enabling the evaluation of karyotype differentiation and interrelationships among Serrasalmidae, as well as the probable occurrence of a species complex in S. rhombeus.
Seis espécies de Serrasalmidae da Amazônia central, representantes dos gêneros Serrasalmus (S. elongatus, S. maculatus, S. cf. rhombeus e S. rhombeus ), Pygocentrus (P. nattereri) e Colossoma (C. macropomum), foram analisadas quanto à distribuição das Ag-RONs, heterocromatina C-positiva e dos genes de RNAr 18S e 5S nos cromossomos. Todos os espécimes apresentaram 2n = 60 cromossomos, exceto S. cf. rhombeus, com 2n = 58, e C. macropomum com 2n = 54 cromossomos. As Ag-RONs foram múltiplas e localizadas nos braços curtos de cromossomos subtelo-acrocêntricos em todas as espécies de Serrasalmus e em P. nattereri, mas foram encontrados em cromossomos metacêntricos em C. macropomum. Os sítios de DNAr 18S, foram geralmente coincidentes com as Ag-RONs, embora algumas espécies tenham apresentado um maior número e/ou uma localização distinta desses sítios. A heterocromatina C-positiva foi preferencialmente encontrada como uma conspícua banda proximal no par metacêntrico número 7 em todas as espécies de Serrasalmus e número 3 em P. nattereri. Os sítios de DNAr 5S foram detectados em um único par cromossômico nas seis espécies sendo que nas espécies de Serrasalmus, este par foi o de número 7 e em P. nattereri o de número 3, colocalizados com bandas heterocromáticas conspícuas. No entanto, em C. macropomum, apenas um homólogo (provavelmente pertencente ao par número 12) apresentou sítios de DNAr 5S nos braços curtos, próximos ao centrômero. Os dados apresentados revelaram confiáveis marcadores citotaxonômicos, permitindo a avaliação da diferenciação cariotípica, e as inter-relações entre Serrasalmidae, bem como a provável ocorrência de um complexo de espécies em S. rhombeus.
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Animais , Caraciformes/classificação , Cariotipagem/veterinária , Mapeamento Cromossômico/veterinária , Marcadores Genéticos/genéticaRESUMO
In this work, Bunocephalus doriae was cytogenetically analyzed. A karyotype with a diploid number of 2n= 50 comprising 6m, 10sm, 6st, and 28a (FN= 72) chromosomes was observed. The occurrence of an asymmetric karyotype with a large number of acrocentric chromosomes distinguishes this species from others the Order Siluriformes. An exclusive character observed is the first pair of subtelocentric as the largest chromosome pair of the complement. NORs detected using AgNO3 were located in the terminal regions, on the short arm of a subtelocentric chromosome pair (pair 11), in a secondary constriction. C-banding revealed heterochromatic centromeric regions on several chromosomes of the complement after C-banding. This is the first cytogenetic description of this species and the first cytogenetic report on a member of the family Aspredinidae.
No presente trabalho, Bunocephalus doriae. foi analisado citogeneticamente. O número diploide encontrado foi 2n= 50 compreendendo 6m, 10sm, 6st, and 28a (NF= 72) cromossomos. A ocorrência de um cariótipo assimétrico com um grande número de cromossomos acrocêntricos distingue esta espécie das demais pertencentes à Ordem Siluriformes e foi observada como característica exclusiva a presença do primeiro par subtelocêntrico, sendo o maior do complemento. As NORs detectadas pelo AgNO3 foram observadas na região terminal do braço curto de um par cromossômico subtelocêntrico (par 11), em uma constrição secundária. A heterocromatina, após o bandamento C, foi visualizada em regiões centroméricas de vários cromossomos do complemento. Esta é a primeira descrição citogenética desta espécie e a primeira descrição de um membro da família Aspredinidae.
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Animais , Cariotipagem , Peixes-Gato/genética , Mapeamento Cromossômico/veterináriaRESUMO
In this work, Bunocephalus doriae was cytogenetically analyzed. A karyotype with a diploid number of 2n= 50 comprising 6m, 10sm, 6st, and 28a (FN= 72) chromosomes was observed. The occurrence of an asymmetric karyotype with a large number of acrocentric chromosomes distinguishes this species from others the Order Siluriformes. An exclusive character observed is the first pair of subtelocentric as the largest chromosome pair of the complement. NORs detected using AgNO3 were located in the terminal regions, on the short arm of a subtelocentric chromosome pair (pair 11), in a secondary constriction. C-banding revealed heterochromatic centromeric regions on several chromosomes of the complement after C-banding. This is the first cytogenetic description of this species and the first cytogenetic report on a member of the family Aspredinidae.
No presente trabalho, Bunocephalus doriae. foi analisado citogeneticamente. O número diploide encontrado foi 2n= 50 compreendendo 6m, 10sm, 6st, and 28a (NF= 72) cromossomos. A ocorrência de um cariótipo assimétrico com um grande número de cromossomos acrocêntricos distingue esta espécie das demais pertencentes à Ordem Siluriformes e foi observada como característica exclusiva a presença do primeiro par subtelocêntrico, sendo o maior do complemento. As NORs detectadas pelo AgNO3 foram observadas na região terminal do braço curto de um par cromossômico subtelocêntrico (par 11), em uma constrição secundária. A heterocromatina, após o bandamento C, foi visualizada em regiões centroméricas de vários cromossomos do complemento. Esta é a primeira descrição citogenética desta espécie e a primeira descrição de um membro da família Aspredinidae.
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Animais , Cariotipagem , Peixes-Gato/genética , Mapeamento Cromossômico/veterináriaRESUMO
Entre as aplicações do mapeamento genômico está a procura por loci de caracteres quantitativos, influenciando características economicamente importantes na produção animal. A metodologia identifica relações entre variações no nível do DNA e valores fenotípicos. Esses dados fenotípicos podem ser referentes à características de herança simples ou quantitativa (herança poligênica). Em anos recentes, análises têm sido focadas, principalmente em caracteres quantitativos, pois são a base das características de produção. No entanto, a natureza poligênica desses caracteres com variação contínua dificulta análises clássicas, por meio de cruzamento para isolamento gênico, principalmente em razão da falta de segregação fenotípica discreta. Nesses casos, regiões do DNA responsáveis pelo fenótipo são definidas como QTL (Quantitative Trait Loci). Sua identificação pode ser realizada por varredura genômica ou análise de cromossomos individualmente. Um próximo passo é identificar os genes presentes nas regiões próximas a marcadores ligados ao QTL. O procedimento é realizado por meio de mapeamento fino, com o emprego de um maior número de marcadores próximos a região de localização do QTL. Este refinamento da análise de ligação, ou saturação da região de mapeamento, permite reduzir o tamanho da região mapeada, e, portanto, reduzir o número de possíveis genes relacionados ao QTL...
Among the applications of genome mapping is the search for loci that influence economically important quantitative traits in animal production. The methodology identifies the relationship among variations at DNA level and phenotypic values. These phenotypic data may be referent to traits of simple or quantitative (polygenic) inheritance. In recent years, analyses have been mainly focused in quantitative traits, since these are usually production traits. However, the polygenic nature of these particular characters with continuous variation makes it difficult to employ classical analyses of crosses for gene isolation, mainly due to the lack of discrete phenotypic segregation. In these cases, DNA regions responsible for the phenotype are defined as QTL (Quantitative Trait Loci). Its identification can be done by a whole-genome screening or analyzing chromosomes individually. A next step is to identify the genes present in the regions next to markers linked to QTL. The procedure is done by fine mapping, using a larger number of markers next to the region of the QTL position. This refinement of the linkage analysis or saturation of the mapping region allows reducing the size of the mapped region and thus reduce the number of possible genes related to the QTL...
Entre las aplicaciones del mapeo genómico está la búsqueda por loci de caracteres cuantitativos, influenciando características económicamente relevantes en la producción animal. La metodología identifica relaciones entre variaciones a nivel del ADN y valores fenotípicos. Esos datos fenotípicos pueden ser referentes a las características de herencia simple o cuantitativa (herencia poligénica). En años recientes, análisis han sido enfocadas, principalmente en caracteres cuantitativos, pues son la base de las características de producción. Sin embargo, la naturaleza poligénica de esos caracteres con variación continua dificulta análisis clásicos, que utiliza cruzamientos para aislamiento génico, principalmente en razón de la falta de segregación fenotípica discreta. En esos casos, regiones del ADN responsables por el fenotipo son definidas como QTL (Quantitative Trait Loci). Su identificación puede ser realizada por barredura genómica o por análisis individual de cromosomas. Un próximo paso es identificar los genes presentes en las regiones próximas a los marcadores unidos al QTL...
Assuntos
Animais , Pesqueiros , Mapeamento Cromossômico/veterinária , Seleção Genética , PeixesRESUMO
Uma população de suínos, composta de 550 animais F2, foi produzida a partir do intercruzamento da geração F1, obtida pelo cruzamento divergente de dois machos da raça nativa brasileira Piau com 18 fêmeas comerciais. O objetivo do trabalho foi mapear locos de características quantitativas (QTL) associados a cortes de carcaça. Os animais foram genotipados para 13 marcadores microssatélites, distribuídos no cromossomo 6 de suínos. As características avaliadas foram: peso total do pernil, peso do pernil sem pele e sem capa de gordura, peso total da copa, peso da copa sem pele e sem capa de gordura, peso total da paleta, peso da paleta sem pele e sem capa de gordura, peso total do carré, peso do lombo, peso total do bacon, peso das costelas, peso total da papada, peso do filezinho e peso da banha rama. Utilizou-se o método de regressão por intervalo de mapeamento por meio do programa QTL Express. Foram encontrados indicativos de QTL para peso de pernil limpo, peso de paleta, peso de lombo e peso de filezinho. A região genômica deve ser saturada com marcadores adicionais para confirmar a presença de QTL reais.
A swine population of 550 F2 animals was produced by outbred cross using two sires of the native Brazilian breed Piau and 18 commercial dams. The animals were genotyped for 13 microsatellite markers. The evaluated composition traits of carcass were: ham weight, skinless and fatless ham weight, boston shoulder weight, skinless and fatless boston shoulder weight, picnic shoulder weight, skinless and fatless picnic shoulder weight, total loin (bone-in) weight, loin weight, bacon weight, rib weight, jowl weight, sirloin weight, and belly fat weight. Data were analyzed by multiple regression interval mapping, using the QTL Express software. Suggestive QTL were found for skinless and fatless ham weight, picnic shoulder weight, loin weight, and sirloin weight. However, the genomic region should be saturated with additional markers in order to confirm the presence of real QTL.
Assuntos
Animais , Mapeamento Cromossômico/métodos , Mapeamento Cromossômico/veterinária , Locos de Características Quantitativas , SuínosRESUMO
Seven genes were assigned by molecular cytogenetic methods to bovine chromosome 5. To accomplish this, specific primers were either publicly available or were designed from highly conserved regions of the publicly available mammalian gene sequences. The identity of the amplified segments was verified by sequencing and alignment with the published sequences. The optimized primers that amplified the desired bovine genes were used for screening a bovine bacterial artificial chromosome library. The positive clones were localized to a specific band of bovine chromosome 5 by fluorescence in situ hybridization. The genes HOXC4, SP1 and IGFBP6 were localized to band q21, COL2A1 was localized to bands q21-q23, IGF1 was localized to band q26, MB to band q31 and the gene CYP2D6 was localized to band q35. The cytogenetic assignment of SP1, IGFBP6, COL2A1, IGF1, MB and CYP2D6 is first reported here and the assignment of HOXC4 refines the previous assignment of this gene. The identification and localization of these genes further support the development of the human to bovine comparative map through characterizing the homologous segments conserved in the evolution of these species. This information will be useful for the future localization of genes that affect economically important traits in bovines